ette inflexion de sagesse apportée à ses oeuvres majeures par La Fontaine explique peut-être que l'auteur licencieux des Contes, que le fabuliste malicieux, ait composé aussi des poèmes religieux, scientifiques et érudits, qu'il n'ait jamais tout à fait abandonné l'ambition, ou du moins l'intention, de traiter des sujets élevés auxquels la malléabilité et la fluidité de sa lyre prêtent çà et là des inflexions insolites, même en ces terres parfois arides. Proche des austères milieux jansénistes, ce fut lui sans doute qui traduisit en vers français les citations poétiques de la Cité de Dieu de saint Augustin parue en 1665 et 1667, avant de composer en 1670 une paraphrase du psaume XVII incluse dans le Recueil des poésies chrétiennes et diverses, publié notamment par ses soins en 1671. Il devait encore versifier une traduction du Dies irae à la veille de sa mort en 1693. Et puis surtout, il écrivit en 1673 un poème sur La Captivité de saint Malc, éloge pastoral de l'ascèse et de la chasteté qui combine à l'inspiration de l'Arcadie païenne le thème chrétien de la maîtrise de soi, de la pureté d'âme et de corps et de l'austérité purificatrice. Ce contrepoint fait aux Contes permet de mesurer toute l'étendue d'une lyre qui passe si aisément du chant pieux à la connivence égrillarde. Sur le mode sérieux et érudit, on retiendra encore, en 1681, une traduction en vers des citations incluses dans les Épîtres de Sénèque, en 1682 un poème à la gloire du quinquina, nouveau remède aux fièvres récalcitrantes, et en 1687 une Épître à Huet, évêque de Soissons, qui s'inscrit dans le cadre de la querelle entre les Anciens, partisans d'une imitation raisonnée de l'Antiquité, et les Modernes, zélateurs de la supériorité du Grand Siècle par rapport à toute autre époque. Le meilleur de cette veine sérieuse demeure cependant, au terme de la livraison des fables de 1678, le Discours à Madame de La Sablière, protectrice et amie de coeur du fabuliste depuis 1673. La Fontaine y pose la question de l'âme des bêtes, expose et illustre la thèse des gassendistes, partisans de l'existence d'une âme sensitive chez nos frères inférieurs, contre les cartésiens qui les tiennent pour de pures machines, quoique d'un mécanisme raffiné.

Une autre voie d'excellence le tenta, sans qu'il y ait jamais rencontré le succès : le théâtre, tremplin des carrières poétiques illustres au temps de Corneille, de Molière et de Racine. La Fontaine définit ses Fables comme « une comédie à cent actes divers » : intrigue nouée autour d'un conflit de pouvoir ou à propos d'un enjeu disputé, résolue souvent par un stratagème ou un coup de force, silhouettes comiques de personnages mis en scène avec aisance, vivacité du dialogue au style direct, cette initiation à des secrets qui caractérisent l'écriture dramatique suggérait à La Fontaine, alors que l'échec de l'Eunuque s'estompait, de tenter à nouveau sa chance sur le théâtre. Il le fit sans non plus y rencontrer le succès, bien qu'il se soit essayé tour à tour dans le registre comique, tragique et pastoral, et même dans le genre tout nouveau du livret d'opéra, qui le brouillera avec Lully pour lequel il avait composé une Daphné mort-née, pastorale lyrique en cinq actes qui ne manquait pourtant pas de charme, à défaut de véritable force. Il tentera tout aussi vainement de prendre sa revanche en 1691 avec une Astrée, tragédie lyrique créée à l'opéra le 28 novembre 1691, sur une musique de Colasse. Mais la véritable mélodie de La Fontaine était inséparable de ses vers : la musique de Lully et de Colasse ne pouvait qu'y faire pléonasme. Et puis de toute façon, le génie narratif s'accommode mal avec le talent dramatique : les personnages du théâtre de La Fontaine, dans sa tragédie d'Achille inachevée (ca 1680-1685 ?) comme dans sa comédie de Clymène (ca 1658), parlent plus et mieux qu'il n'agissent, et leurs échanges tournent aisément au dialogue allégorique ou simplement artificiel.

Après une élection mouvementée à l'Académie française (1683) où Louis XIV suspendit son entrée pendant plus de six mois, le temps d'y voir élu Boileau alors historiographe officiel du règne, La Fontaine partagea la fin de sa vie entre le métier littéraire, en participant notamment aux polémiques suscitées, comme on l'a vu plus haut, par la querelle des Anciens et de Modernes, et des amitiés libertines, voire licencieuses, du côté de ses puissants et sulfureux amis, le prince de Conti, le duc de Vendôme, qui s'ajoutaient à ses liens avec les exilés de Londres, comme la duchesse de Bouillon et le poète Saint-Évremond, peu soupçonnables de pensée conformiste. Pourtant, en 1693, la conversion puis la mort pieuse de Mme de La Sablière, et surtout l'insistance des Hervart, ses nouveaux hôtes et protecteurs, le conduisent à se rapprocher de la religion, à renier solennellement ses Contes et à finir sa vie dans une attitude de sagesse plus austère et de dévotion véritable. On perçoit l'écho de cette diversité puis de cette inflexion dans le dernier volume de ses Fables, plus encore bigarré que les autres, qui porte à douze le nombre de livres composant le recueil complet. Douze livres, autant que de chants dans un poème épique comme l'Énéide : ce choix n'est pas fortuit. Il imprime à l'ouvrage l'allure d'une fresque épique en miniature, d'une cosmologie des âmes, d'un registre complet des moeurs et d'un répertoire des genres et des formes poétiques, vers quoi il tend avec un mélange d'humour et d'orgueil. Se confirme ainsi la définition de la fable comme « microcosme » moral et littéraire, miroir universel. Lorsqu'il meurt en avril 1695, le parcours de cet aventurier discret sinon distrait de la carrière littéraire s'achève sur une ultime surprise : sa toilette mortuaire révèle que l'ancien auteur des Contes portait un cilice. On y verra la signature d'une vie marquée par l'alternance entre les contraires et l'impérieux besoin du changement.