e son vivant, Descartes a échangé avec les philosophes et les savants de l'Europe une correspondance où la polémique et la critique souvent sévère des thèses et des démonstrations cartésiennes occupent une grande place. Mais c'est surtout après sa mort et avec la publication d'oeuvres jusque-là inédites que la philosophie cartésienne fait l'objet de critiques d'ensemble, particulièrement dans les milieux influencés par cette philosophie, et par ces philosophes que l'on commence à appeler cartésiens :

Pascal (qui a rencontré Descartes en 1647 et a parlé avec lui de ses expériences sur le vide) appartient à un milieu assez hostile au cartésianisme, à la fois en désaccord avec la méthode cartésienne dans les sciences, et soupçonnant la philosophie cartésienne de vouloir demeurer à bonne distance de la religion chrétienne. En témoigne ce jugement sévère (Pensées, fg. 77) :

« Je ne puis pardonner à Descartes ; il aurait bien voulu dans sa philosophie, se pouvoir passer de Dieu ; mais il n'a pu s'empêcher de lui faire donner une chiquenaude, pour mettre le monde en mouvement ; après cela, il n'a plus que faire de Dieu. »

Ce sont pour des raisons inverses de celles de Pascal que Spinoza critique Descartes : l'idée d'un Dieu créateur, l'idée d'une âme disposant librement de ses volontés ne sont que fictions aux yeux de l'auteur de l'Éthique où la critique du cartésianisme est constante, même si elle n'est pas aussi explicite que dans ce passage tiré de la préface de la cinquième partie :

« En vérité je ne puis m'étonner qu'un philosophe, après s'être fermement résolu à ne rien déduire que de principes connus d'eux-mêmes, et à ne rien affirmer qu'il ne perçût clairement et distinctement, après avoir si souvent reproché aux Scolastiques de vouloir expliquer les choses obscures par des qualités occultes, admette une hypothèse plus occulte qu'aucune qualité occulte. Qu'entend-il, je le demande, par l'union de l'Âme et du Corps ? Quelle conception claire et distincte a-t-il d'une pensée très étroitement liée à une certaine petite portion de l'étendue ? »

Leibniz n'a pas cessé de ferrailler contre le système de Descartes, comme si cette critique lui était nécessaire pour formuler sa propre pensée. Mais c'est aussi chez ce philosophe que se trouvent les objections les plus profondes qu'on ait faites à la philosophie et à la science cartésiennes (car ce sont les erreurs de cette science que relève d'abord Leibniz).

L'une des plus récurrentes porte sur le critère (aux yeux de Leibniz incertain et arbitraire) du clair et distinct pour reconnaître la vérité.

Mais Leibniz, soucieux de la conformité de la philosophie et de la religion, cherche aussi à montrer le caractère limité, partiellement vrai seulement, et, dans le fond, dangereux pour la foi, du mécanisme cartésien (Remarques sur les principes de Descartes) :

« Il (Descartes) prétend que, dans l'explication des phénomènes de la nature, il n'est pas besoin d'autres principes que ceux tirés de la mathématique abstraite (...) et il ne reconnaît pas d'autre matière que celle qui est l'objet de la géométrie. J'accorde pleinement que tous les phénomènes particuliers de la nature pourraient être expliqués mécaniquement (...) mais ce qu'à mon avis il faut toujours garder présent à l'esprit, c'est que les principes mécaniques mêmes, c'est-à-dire les lois générales de la nature, naissent de principes plus élevés et ne sauraient être expliqués par la quantité seule et par des considérations géométriques. Ces principes impliquent, bien au contraire, quelque chose de métaphysique... Car en dehors de l'étendue et de ses modifications il y a, inhérente à la matière, la force même ou la puissance d'agir qui permet le passage de la métaphysique à la nature et des choses matérielles aux choses immatérielles. »